Osmancık'ta doğmuştur. Genç yaşta ilim merakı ile Trablus, Tunus ve Cezayir'e kadar gitmiştir. Daha sonra İstanbul'a dönmüş ve akrabalarından Hacı Sefer Ağa vasıtası ile saraya girmiştir. Burada önce baltacı olmuştur. Güzel sesli olduğundan musikiye heveslenmiş ve müezzin olup "Mehmed Halife" namını kazanmıştır. Ardından katipliğe heveslenen Baltacı Mehmed Paşa, yazıcılığa ve 1703 Aralık ayında mirahurluğa tayin edilmiştir. 1704 yılının Kasım ayında kaptan-ı derya, 21 Aralık 1704'te de birinci kez sadrazam olmuştur. 3 Mayıs 1706'ta azledilip Sakız adası'na sürülmüştür. Daha sonra Erzurum valiliğine ve Sakız muhafızlığına getirilmiştir. 1709 yılının Ocak ayında Halep valiliğine atanan Baltacı Mehmed Paşa, 18 Ağustos 1710'da tekrar sadrazam olmuş ve Serdar-ı Ekrem sıfatıyla Rus seferine çıkmıştır.

Prut Savaşı sırasında, Deli Petro'nun ordusunun etrafını sarmışken, Çariçe Birinci Katerina'nın araya girmesi üzerine veya isyan belirtileri gösteren Yeniçerilere güvenmemesi nedeniyle barışı kabul etmiştir. 22 Temmuz 1711'de taraflar arasında bir antlaşma yapılmıştır. Antlaşmanın imzalanmasından III. Ahmed de memnun olmuştu. Ancak ordusunu muhasaradan kurtaran Çar I. Petro'nun, vaatlerini yerine getirmemesi, sadrazama karşı İstanbul'da bir muhalefet grubunun oluşmasına yol açtı. Baltacı ile Katerina arasında ne tür bir ilişki kurulduğuna dair zaman içinde geniş kapsamlı söylentiler, tartışmalar ve literatür oluşmuştur. Ancak bilimsel anlamda yapılan araştırmaların, Prut Savaşı sırasında Baltacı ile Katerina arasında bir buluşmanın gerçekleşmediğini ortaya koyduğu söylenmektedir.

Prut seferinden dönüşünde azledilerek (20 Kasım 1711) Aralık 1711'de Midilli'ye, daha sonra Temmuz 1712'de Limni adasına sürülmüştür. 1712 yılının Temmuz ayında Limni adasında vefat etmiştir. Ortaköy'de yaptırdığı bir cami bulunmaktadır.